Մարդու իրավունքների պաշտպանի հաստատությունը՝ 2004 թվականին իր հիմնադրումից ի վեր՝ նախագծվելով մարդու իրավունքների ազգային հաստատությունները կարգավորող Փարիզյան սկզբունքներին համապատասխան, զարգացրել է իր համագործակցությունը միջազգային կազմակերպությունների, տարբեր պետությունների մարդու իրավունքների ազգային հաստատությունների և օմբուդսմանական ինստիտուտների հետ։ Հաստատության միջազգային համագործակցությունը մշտապես կենտրոնացած է եղել մարդու իրավունքների պաշտպանության ամրապնդմանը՝ Հայաստանում մարդու իրավունքների պաշտպանության մակարդակը համապատասխանեցնելով միջազգային չափանիշներին։

2006 թվականին Մարդու իրավունքների ազգային հաստատությունների գլոբալ դաշինքի (GANHRI) կողմից ՄԻՊ հաստատությանը շնորհվեց A կարգավիճակ, ինչը հաստատում էր հաստատության անկախությունն ու միջազգային չափանիշներին համապատասխանությունը։

Տարիների արդյունավետ աշխատանքի արդյունքում Պաշտպանի հաստատությունը արդյունավետորեն համագործակցել է ՄԱԿ-ի կառույցների հետ, մասնավորապես՝ ՄԱԿ-ի Փախստականների հարցերով գերագույն հանձնակատարի գրասենյակի (UNHCR), ՄԱԿ Զարգացման ծրագրի (UNDP), ՄԱԿ Մարդու իրավունքների գերագույն հանձնակատարի գրասենյակի (UNOHCHR), ՄԱԿ Բնակչության հիմնադրամի (UNFPA) և այլն։ ՄԻՊ հաստատությունը արդյունավետ համագործակցություն է ծավալել Եվրոպայի խորհրդի և մի շարք այլ միջաղգային առանցքային դերակատարների հետ՝ Մարդու իրավունքներին վերաբերելի բազմաթիվ ծրագրերի շրջանակներում։ 

Միջազգային գործընկերների հետ համագործակցությունը շարունակական աշխատաժողովների և փորձի փոխանակման ծրագրերի շնորհիվ նպաստել է ՄԻՊ հաստատության ներուժի ամրապնդմանն ու աշխատակազմի կարողությունների զարգացմանը։

Պաշտպանի հաստատությունը խթանում է միջազգային պայմանագրերի վավերացման և միջազգային պայմանագրային նորմերի ազգային մակարդակում ներդրման գործընթացները, ինչպես նաև անկախ գնահատական է տալիս պետության կողմից այդ ուղղությամբ կատարված աշխատանքներին։