Մարդու իրավունքների պաշտպանի աշխատանքի կարևոր ուղղություններից է համագործակցությունը հասարակական կազմակերպությունների հետ։ Նրանց հետ փոխգործակցությունը սկզբունքային կարևորություն ունի երկրում մարդու իրավունքների պաշտպանության վիճակի բարելավման և առհասարակ իրավունքի գերակայության ու ժողովրդավարության ապահովման համար:

Հասարակական կազմակերպությունների հետ համագործակցության արդյունավետ հարթակներից են Պաշտպանին առընթեր  խորհուրդները։ Այս առումով հատկանշական է, որ Մարդու իրավունքների պաշտպանն իր որոշմամբ կարող է ստեղծել առընթեր խորհուրդներ, որոնք կազմված են մարդու իրավունքների կոնկրետ բնագավառներում անհրաժեշտ փորձ և գիտելիքներ ունեցող հասարակական կազմակերպությունների ներկայացուցիչներից և անկախ մասնագետներից: 

Խորհուրդների նպատակն է Պաշտպանին տրամադրել աջակցություն մարդու իրավունքների պաշտպանության, դրանց ապահովման վերաբերյալ խնդիրների վերհանման, քննարկման և իրավասու մարմիններին առաջարկությունների ներկայացման հարցերում:

Նշված խորհուրդներում բարձրացված խնդիրների արդյունավետ լուծման նպատակով կազմակերպվում են նաև դրանց ընդլայնված նիստեր, որոնց մասնակցում են ոչ միայն տվյալ խորհրդի անդամները, այլ նաև իրավասու պետական մարմինների ներկայացուցիչներ և լրագրողներ։ Նշված հարթակում շահագրգիռ բոլոր ներկայացուցիչները հնարավորություն են ունենում ներկայացնել իրենց դիրքորոշումները քննարկվող հարցերի վերաբերյալ։ 

Ներկայում գործում են Մարդու իրավունքների պաշտպանին առընթեր 8 խորհրդատվական խորհուրդներ՝ Զինված ուժերում մարդու իրավունքների պաշտպանության հարցերով փորձագիտական խորհուրդ, Երեխաների իրավունքների պաշտպանության հարցերով հասարակական խորհուրդ, Հաշմանդամություն ունեցող անձանց իրավունքների պաշտպանության հարցերով խորհուրդ,  Խոշտանգումների կանխարգելման խորհրդատվական խորհուրդ,  Կանանց իրավունքների հարցերով հասարակական խորհուրդ, Ազգային փոքրամասնություններին պատկանող անձանց իրավունքների պաշտպանության և խթանման հարցերով հասարակական խորհուրդ,  Գործարարության ոլորտում իրավունքների պաշտպանության խթանման հարցերով հասարակական խորհուրդ և Ապաստան հայցողների, բռնի տեղահանվածների և փախստականների իրավունքների խթանման և պաշտպանության հարցերով խորհուրդ։